上海市小儿消化与营养重点实验室依托上海交通大学医学院附属新华医院组建，2011年获上海市科委批准组建，2013年完成验收正式挂牌。 在临床医学与基础研究的学科交叉结合过程中，实验室建立了良好的临床和科研基地，已组建分子遗传学、细胞生物学、肠道微生态学、病理学等实验技术平台及符合国际标准的生物样本库。 

现有成员38人，涵盖基础研究人员、临床医师、流行病学专家和实验技术人员，专业涉及小儿外科学、胃肠病学、临床营养学、临床流行病学、分子遗传学、细胞生物学等学科。其中高级职称22人（占57.9%）；具博士学位者26人（占68.4%）；博士生导师6人，硕士生导师13人；40岁以下研究者占比65.8%；团队成员老中青相结合，人员搭配合理。 

实验室主要研究方向包括： ①先天性消化道畸形病因学研究；②小儿肠衰竭；③危重患儿长期营养支持相关并发症防治；④儿童肥胖。 

实验室在先天性巨结肠分子遗传学研究、胆道闭锁早期诊断及肝纤维化机制研究、肠衰竭相关肝损害防治研究、肠道菌群与肠道免疫关系研究等方面已取得较大进展。实验室瞄准国际医学科学发展和研究的前沿领域，整合相关优势学科，针对消化道畸形及消化道疑难疾病，开展流行病学、病因学和规范诊疗研究，已逐渐成为本领域国内领先、国际上具有一定影响力的中心，同时力争建成国内外小儿消化与营养领域学术交流的重要平台、优秀人才培养基地和引领学科发展的重点实验室。